Поскольку для инвазивной инфекции требуется для начала колонизация бактерий в носоглотке, целью вакцинации является также снижение колонизации пневмококка.
Впервые конъюгированная пневмококковая вакцина была испытана на младенцах в Гамбии в 1993-м году, где выяснилось, что тогда как колонизация вакцинными серотипами снизилась на 78%-89%, колонизация невакцинными серотипами увеличилась в 4.5 раза.