Замена штаммов

Гемофильная инфекция

Changing epidemiology of invasive Haemophilus influenzae in Ontario, Canada: evidence for herd effects and strain replacement due to Hib vaccination. 2010, Adam, Vaccine

Вакцинация снизила заболеваемость Hib в Онтарио (Канада) на 57%, но заболеваемость серотипом f выросла в 2.4 раза, а заболеваемость бескапсульными штаммами - в 3 раза. Заболеваемость Hib снижалась среди детей младше 5 лет на 7% в год, а заболеваемость от бескапсульных штаммов увеличивалась среди детей 5-19 лет на 7% в год. В целом, заболеваемость гемофильной инфекцией почти не изменилась, просто заболеваемость менингитом снизилась, а заболеваемость сепсисом увеличилась.
Бескапсульные штаммы колонизируют верхние дыхательные пути у 65% детей.

Гемофильная инфекция

Prevention of Haemophilus influenzae type b (Hib) meningitis and emergence of serotype replacement with type a strains after introduction of Hib immunization in Brazil. 2003, Ribeiro, J Infect Dis

Через год после начала вакцинации в Бразилии, количество случаев менингита от Hib снизилось на 69% (с 2.62 до 0.81 на 100,000). Количество случаев менингита от Hia (гемофильной палочки серотипа А) выросло в 8 раз (с 0.02 до 0.16 на 100,000).
Клинически вирулентность Hib и Hia не отличаются. Смертность от Hia составляла 23%.

Гемофильная инфекция

Haemophilus influenzae Serotype a Invasive Disease, Alaska, USA, 1983-2011. 2013, Bruce, Emerg Infect Dis

До начала вакцинации заболеваемость Hib на Аляске была самой высокой в мире. Благодаря вакцине, количество случаев Hib резко снизилось, но увеличились случаи заболевания от других серотипов, в основном серотипом А и бескапсульными штаммами.

Гемофильная инфекция

Invasive Haemophilus influenzae disease in adults. 2000, Sarangi, Epidemiol Infect

После начала вакцинации, количество случаев Hib среди взрослых в Англии (15 и старше) снизилось, но общее количество случаев гемофильной инфекции повысилось из-за резкого увеличения инфекций бескапсульными штаммами, особенно среди пожилых. Смертность составляла 59%.

Гемофильная инфекция

Trends in Haemophilus influenzae type b infections in adults in England and Wales: surveillance study. 2004, McVernon, BMJ

Заболеваемость Hib среди взрослых в Англии снизилась после введения вакцинации (благодаря, вероятно, коллективному иммунитету), достигла минимума в 1998-м году, а в 2003 уже вернулась на допрививочный уровень.
Количество антител к Hib у взрослых снизилось после начала вакцинации.
Среди детей произошло то же самое. Сначала заболеваемость Hib резко снизилась, а потом, несмотря на высокий охват вакцинации, начала резко повышаться.
С 1998 года количество случаев заболевания среди детей удваивается каждый год, и большинство заболевших были полностью привиты.

Гемофильная инфекция

Increasing incidence of invasive Haemophilus influenzae disease in adults, Utah, USA. 2011, Rubach, Emerg Infect Dis

Вакцинация снизила количество случаев Hib среди детей на 99%, но заболеваемость гемофильной инфекцией среди взрослых выросла между 1998-м и 2008-м в 11.5 раз. Большинство случаев заболевания приходились на серотип F и на бескапсульные штаммы. Смертность составляла 22%.

Гемофильная инфекция

Invasive Haemophilus influenzae in British Columbia: non-Hib and non-typeable strains causing disease in children and adults. 2011, Shuel, Int J Infect Dis

В 1989-м, до начала вакцинации в Канаде, в Британской Колумбии было зарегистрировано 24 случая Hib за год. В 2008-2009 было зарегистрировано 45-53 случая в год. Понизилась заболеваемость серотипом В, и повысилась заболеваемость серотипом А. Если раньше болели в основном дети, то сейчас стали болеть и взрослые.

Гемофильная инфекция

The changing epidemiology of invasive Haemophilus influenzae disease, especially in persons > or = 65 years old. 2007, Dworkin, Clin Infect Dis

С 1996 по 2004, количество случаев Hib в Иллинойсе возросло в 2.5 раза, а среди пожилых в 3.5 раза.
Количество случаев инфекции бескапсульной Hib возросло на 657%. Если в 1996-м бескапсульная Hib была ответственна за 17.5% случаев болезни, то в 2004 она была ответственна уже за 70.7% случаев. Летальность составляла 12.7%, а среди пожилых - 20.6%.
Летальность серотипа F среди пожилых составляла 11.1%, а серотипа E - 38.5%.

Гемофильная инфекция

Invasive disease due to Haemophilus influenzae serotype f: clinical and epidemiologic characteristics in the H. influenzae serotype b vaccine era. The Haemophilus influenzae Study Group. 1996, Urwin, Clin Infect Dis

Заболеваемость серотипом F увеличилась в 3.8 раз между 1989 и 1994-м, и составляет уже 17% всех случаев гемофильной инфекции. Смертность этого серотипа составляет 30% среди взрослых и 21% среди детей.

Гемофильная инфекция

Increase in the number of invasive Haemophilus influenzae type b infections. 2005, Spanjaard, Ned Tijdschr Geneeskd

Нидерландах заболеваемость Hib снизилась после начала вакцинации, достигла минимума в 1993 году, а затем снова начала расти. Вероятно, потому что из-за исчезновения бактерии "естественные бустеры" происходят намного реже, что приводит к ослаблению иммунитета, и к повышенной восприимчивости к инфекции.
А может потому, что вакцинация уничтожила штаммы с тонкой капсулой, и оставила штаммы с более толстой капсулой. Еще: [1], [2], [3].

Гемофильная инфекция

Epidemiology of invasive pneumococcal and Haemophilus influenzae diseases in Northwestern Ontario, Canada, 2010-2015. 2017, Eton, Int J Infect Dis

Заболеваемость серотипом А (Hia) в Онтарио уже на 76% превышает заболеваемость Hib в допрививочную эпоху.

Гемофильная инфекция

Еще несколько статей о замене штаммов с серотипа B на другие: [1], [2], [3], [4], [5], [6], [7], [8], [9], [10], [11].

Ротавирус

Effectiveness of monovalent rotavirus vaccine (Rotarix) against severe diarrhea caused by serotypically unrelated G2P[4] strains in Brazil. 2010, Correia, J Infect Dis

В Бразилии штамм ротавируса G2P(4), который встречался в 19%-30% случаев до начала вакцинации, за 15 месяцев после начала вакцинации заменил все остальные штаммы. Эффективность вакцины (Ротарикс) против этого штамма составляла 77% среди детей 6-11 месяцев, и -24% (отрицательная) среди детей старше 12 месяцев. Еще: [1], [2].
Здесь сообщается, что после начала вакцинации в Бразилии обычные штаммы ротавируса заменились новым штаммом G12P(8). Замена штаммов произошла также в Парагвае и в Аргентине.

Ротавирус

Detection of rotateq vaccine-derived, double-reassortant rotavirus in a 7-year-old child with acute gastroenteritis. 2014, Hemming, Pediatr Infect Dis J

Поскольку геном ротавируса состоит из отдельных сегментов, то когда два разных штамма вируса заражают одну клетку, они могут обменяться сегментами и создать новый штамм. Это та же самая реассортация, которая происходит бесконтрольно.
Здесь сообщается о случае гастроэнтерита у семилетней девочки. Из ее кала был выделен штамм ротавируса, который представлял собой реассортацию двух других человеческо-бычьих штаммов из вакцины Ротатек. Однако девочка не была привита от ротавируса. Более того, она не контактировала ни с кем, кто был привит. У двух ее братьев тоже были похожие симптомы гастроэнтерита, они тоже не были привиты, и не контактировали с привитыми.
Выделенный реассортантный штамм вируса оказался стабильным и очень заразным. Авторы считают, что скорее всего этот новый вирус циркулирует среди населения. Ранее реассортантные штаммы уже выделяли, но только у недавно привитых Ротатек: [1], [2], [3].
Здесь сообщается об обнаружении новых штаммов от реассортации дикого вируса с вакцинным штаммом Ротарикс.
Здесь сообщается, что 17% детей выделяли вирус после прививки, а 37% из них выделяли дважды реассортантный вирус. Некоторые дети выделяли вирус долгое время после прививки, от 9 до 84 дней после последней дозы.

Ротавирус

Vaccine-derived NSP2 segment in rotaviruses from vaccinated children with gastroenteritis in Nicaragua. 2012, Bucardo, Infect Genet Evol

Авторы проанализировали геном ротавируса у привитых детей с гастроэнтеритом в Никарагуа, и обнаружили новые штаммы вируса, которые образовались благодаря реассортации между диким штаммом и вакцинными штаммами из Ротатек.

Ротавирус

Identification of strains of RotaTeq rotavirus vaccine in infants with gastroenteritis following routine vaccination. 2012, Donato, J Infect Dis

Среди детей, у которых была диарея в течение двух недель после вакцинации, 21% болели от вакцинного штамма. Из выделеленных вакцинных штаммов 37% были штаммы, реассортантные из двух вакцинных штаммов Ротатек.

Пневмококк

Rapid pneumococcal evolution in response to clinical interventions. 2011, Croucher, Science

В ответ на антибиотики и на вакцинацию пневмококк быстро мутирует. Бактерии пневмококка умеют менять свой серотип.

Пневмококк

Emergence of Multidrug-Resistant Pneumococcal Serotype 35B among Children in the United States. 2017, Olarte, J Clin Microbiol

После начала вакцинации появился новый серотип 35В, который редко встречался ранее, но теперь из года в год ответственен за всё большее количество пневмококковых инфекций. Этот серотип в 5 раз смертельнее других серотипов, и часто нечувствителен к антибиотикам.
Заболеваемость пневмококком снизилась в 2 раза в течение 2-х лет после начала вакцинации, и осталась примерно на том же уровне. Еще: [1].

Пневмококк

Emergence of invasive pneumococcal disease caused by nonvaccine serotypes in the era of 7-valent conjugate vaccine. 2008, Muñoz-Almagro, Clin Infect Dis

После начала вакцинации заболеваемость пневмококковой инфекцией в Барселоне выросла на 58%, а среди детей - на 135%.
Заболеваемость вакцинными серотипами уменьшилась на 40%, а невакцинными серотипами увеличилась на 531%.
Заболеваемость пневмонией и эмпиемой среди детей младше 5 лет выросла на 320%.

Пневмококк

Temporal trends of invasive disease due to Streptococcus pneumoniae among children in the intermountain west: emergence of nonvaccine serogroups. 2005, Byington, Clin Infect Dis

После начала вакцинации, между 1997 и 2003, количество случаев пневмококковой инфекции в Солт-Лейк-Сити (Юта) снизилось на 27%. Заболеваемость вакцинными серотипами снизилась с 73% до 50%. Количество случаев заболевания от невакцинных серотипов увеличилось в 3 раза. Дети, заболевшие невакцинными серотипами, были госпитализированы дольше.
Доля случаев осложненных эмпиемой плевры увеличилась с 16% до 30%, а доля тяжелых случаев увеличилась с 57% до 71%. Еще: [1].

Пневмококк

Invasive pneumococcal disease caused by nonvaccine serotypes among Alaska native children with high levels of 7-valent pneumococcal conjugate vaccine coverage. 2007, Singleton, JAMA

Коренные дети в Аляске болеют инвазивной пневмококковой инфекцией в 3 раза чаще, чем американцы в среднем.
За первые 3 года после начала вакцинации (2001-2003) заболеваемость пневмококковой инфекцией среди коренных детей младше 2-х лет в Аляске снизилась на 67%. Но потом, в 2004-2006, заболеваемость увеличилась на 82%.
Заболеваемость вакцинными серотипами снизилась на 96%, а невакцинными серотипами увеличилась на 140%.
Доля случаев, осложненных эмпиемой плевры, увеличилась с 2% до 13%. Доля случаев с пневмонией и бактериемией увеличилась с 40% до 57%.
В 2004 году 41% населения были носителями пневмококка. Доля семи вакцинных серотипов снизилась с 41% до 5%, а невакцинных серотипов увеличилась с 47% до 88%.

Пневмококк

The epidemiology of invasive pneumococcal disease in British Columbia following implementation of an infant immunization program: increases in herd immunity and replacement disease. 2012, Sahni, Can J Public Health

Заболеваемость инвазивной пневмококковой инфекцией среди детей до 5-и лет снизилась на 78% между 2002 и 2010, но среди детей старше 5-и лет, взрослых и пожилых она повысилась. Вакцинные штаммы заменились невакцинными. В целом, заболеваемость не изменилась. В 2006-2007 была зарегистрирована вспышка пневмококка среди нищих и наркоманов. (Британская Колумбия, Канада)

Пневмококк

The changing role of exposure to children as a risk factor for bacteremic pneumococcal disease in the post conjugate vaccine era. 2010, Metlay, Arch Intern Med

В Филадельфии, заболеваемость вакцинными серотипами среди взрослых понижалась на 29% в год в 2002-2008, а невакцинными серотипами повышалась на 13% в год. В целом, заболеваемость пневмококковой инфекцией увеличивалась на 7% в год.
Негры болели в два раза чаще белых. Чем больше в доме детей, тем ниже риск заболевания. Диабет повышает риск заболевания в 2.5 раза. Курение - в 2.2 раза.

Пневмококк

Еще несколько статей о замене штаммов пневмококка с вакцинных на невакцинные: [1], [2], [3], [4], [5], [6], [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], [14], [15], [16], [17].
...и о замене пневмококка на гемофильные и другие бактерии: [1], [2], [3], [4], [5], [6], [7].

Пневмококк

Carriage of pneumococci after pneumococcal vaccination. 1996, Obaro, Lancet

Поскольку для инвазивной инфекции требуется для начала колонизация бактерий в носоглотке, целью вакцинации является также снижение колонизации пневмококка.
Впервые конъюгированная пневмококковая вакцина была испытана на младенцах в Гамбии в 1993-м году, где выяснилось, что тогда как колонизация вакцинными серотипами снизилась на 78%-89%, колонизация невакцинными серотипами увеличилась в 4.5 раза.

Пневмококк

Carriage of Haemophilus influenzae is associated with pneumococcal vaccination in Italian children. 2015, Camilli, Vaccine

Колонизация пневмококком среди привитых и непривитых в Италии не различалась. Гемофильная палочка встречалась среди привитых значительно чаще.

Пневмококк

Effect of 10-valent pneumococcal conjugate vaccine on nasopharyngeal carriage of Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenzae among children in São Paulo, Brazil. 2016, Brandileone, Vaccine

После начала вакцинации, колонизация вакцинными серотипами значительно снизилась, а невакцинными увеличилась. Гемофильная палочка встречалась у привитых в 2-5 раз чаще, чем у непривитых. (Сан-Паулу, Бразилия)

Пневмококк

Post-PCV7 changes in colonizing pneumococcal serotypes in 16 Massachusetts communities, 2001 and 2004. 2005, Huang, Pediatrics

Между 2001 и 2004, у детей младше 7-и лет в Массачусетсе, колонизация семью вакцинными серотипами пневмококка в носоглотке уменьшилась, а колонизация другими серотипами - увеличилась. В целом колонизация пневмококком практически не изменилась. Невосприимчивость к пенициллину увеличилась с 8% до 25% среди невакцинных серотипов, и с 45% до 56% среди вакцинных серотипов.

Пневмококк

Continued impact of pneumococcal conjugate vaccine on carriage in young children. 2009, Huang, Pediatrics

Продолжение предыдущего исследования. К 2007-у году вакцинные серотипы практически исчезли, и заменились невакцинными и нечувствительными к пенициллину серотипами. В целом, уровень колонизации пневмококком как был 30%, так и остался, но среди детей младше 6 месяцев он значительно вырос.

Пневмококк

Impact of 13-Valent Pneumococcal Conjugate Vaccination on Streptococcus pneumoniae Carriage in Young Children in Massachusetts. 2014, Lee, J Pediatric Infect Dis Soc

13-валентная вакцина (PCV13) тоже не изменила колонизацию пневмококком. Колонизация вакцинными серотипами снизилась, а невакцинными серотипами увеличивалась на 12% в год.
Уровень колонизации среди привитых PCV13 детей и непривитых не различался.
Колонизация штаммами PCV13 была на 70% ниже среди здоровых привитых детей, но не среди больных ОРВИ детей.

Пневмококк

Changes in nasopharyngeal carriage of Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae and Moraxella catarrhalis among healthy children attending a day-care centre before and after official financial support for the 7-valent pneumococcal conjugate vaccine and H. influenzae type b vaccine in Japan. 2014, Oikawa, J Infect Chemother

В Японии, после начала вакцинации от Hib и пневмококка, колонизация вакцинными серотипами пневмококка уменьшилась, а невакцинными серотипами увеличилась. В целом, колонизация пневмококком не изменилась. Колонизация гемофильной палочкой увеличилась.

Пневмококк

Effect of Pneumococcal Conjugate Vaccination on Serotype-Specific Carriage and Invasive Disease in England: A Cross-Sectional Study. 2011, Flasche, PLoS Med

В Англии колонизация вакцинными серотипами снизилась, а невакцинными серотипами увеличилась. В целом колонизация увеличилась на 6% (нет статистической значимости).

Пневмококк

Changes in frequency and pathogens causing acute otitis media in 1995-2003. 2004, Casey, Pediatr Infect Dis J

Между 1995 и 2003 заболеваемость острым средним отитом не изменилась, но заболеваемость затянувшимся острым средним отитом уменьшилась с 16% до 12%. Место пневмококка в случаях среднего отита стала занимать гемофильная палочка, которая после начала пневмококковой вакцинации стала главным возбудителем болезни. (Рочестер, Нью-Йорк)

Пневмококк

Predominance of nontypeable Haemophilus influenzae in children with otitis media following introduction of a 3+0 pneumococcal conjugate vaccine schedule. 2011, Wiertsema, Vaccine

Пневмококк и гемофильная бактерия ответственны за 80% случаев острого среднего отита. М.catarrhalis ответственна за 3-20% случаев.
После начала вакцинации от пневмококка, большинство случаев отита стали вызывать бескапсульные типы гемофильной бактерии.

Пневмококк

Effect of conjugate pneumococcal vaccine followed by polysaccharide pneumococcal vaccine on recurrent acute otitis media: a randomised study. 2003, Veenhoven, Lancet

Рандомизированное двойное слепое исследование влияния вакцины от пневмококка на острый средний отит у склонных к нему детей старше года. В качестве плацебо использовались вакцины от гепатита В и гепатита А.
Заболеваемость острым средним отитом у привитых была повышена на 25%, хотя статистическая значимость пограничная (CI 0.99-1.57). У детей старше 2-х лет, вакцина повышала риск отита на 45%. У детей не слишком склонных к отиту, вакцина повышала риск на 66%. Вакцинация никак не повлияла на колонизацию пневмококка, так как вакцинные серотипы заменились невакцинными. У привитых от пневмококка детей было выявлено больше золотистого стафилококка.

Менингококк

Capsule switching of Neisseria meningitidis. 1997, Swartley, Proc Natl Acad Sci U S A

Также как и пневмококк, бактерии менингококка умеют менять свою серогруппу.

Менингококк

Invasive meningococcal disease in Quebec, Canada, due to an emerging clone of ST-269 serogroup B meningococci with serotype antigen 17 and serosubtype antigen P1.19 (B:17:P1.19). 2006, Law, J Clin Microbiol

В 2004 году в Квебеке была вспышка менингококковой болезни серогруппы В. Авторы считают, что это вероятно произошло вследствие замены серогруппы благодаря вакцинации полисахаридной вакциной от серогруппы С.

Папиллома

Prevalence of HPV After Introduction of the Vaccination Program in the United States. 2016, Markowitz, Pediatrics

Свято место пусто не бывает. Предотвращая заражение двумя или четырьмя штаммами ВПЧ, прививка приводит лишь к тому, что они заменяются другими штаммами.
Есть снижение в распространенности 4-х штаммов ВПЧ у молодых девушек, но нет никакого изменения в распространенности ВПЧ, если учитывать все штаммы вируса.

Папиллома

Shift in prevalence of HPV types in cervical cytology specimens in the era of HPV vaccination. 2016, Fischer, Oncol Lett

Онкогенные штаммы ВПЧ 16 и 18 заменились другими онкогенными штаммами 31, 51, 53, 56 и 66.
Еще три исследования с теми же выводами в Италии, Нидерландах и США.